一、印刷版材的选择
纸箱印刷机的印版通常采用橡皮版和柔性树脂版（包括国产或进口），两者的弹性和着墨能力有一定的差距。通常柔性树脂版的弹性和着墨能力要高于橡皮版，印刷墨层比较厚实，一般不会出现“印迹不实”、“露底”、“白点”等故障。橡皮版印版表面平整度差，造成版面的着墨量差异，印迹有时会出现“露底”、“白点”等现象。
通常柔性树脂版表面的平整度要比橡皮版好些，所以对于印刷要求较高、有大面积实地或有网点印刷的纸箱必须选择柔性树脂版进行印刷。要保证纸箱印刷的清晰度，综合客户印刷品质要求以及纸箱生产成本来合理确定版材。首先印版要选用耐磨、弹性适中、质量上乘的材料，同一块版面的版材厚薄要一致，树脂版厚度不低于4mm，橡皮版以6-7mm为佳。
二、制版标准
连续网最佳做到2%-95%；独立网点做到0.25mm；独立外线条可做到0.175mm。无论是用阴片菲林晒版，还是手工刀刻，版面一定要平整，字迹图案线条深度不低于3mm，文字图案的排列不可过分拥挤，弧线要圆滑，粗细均匀，直线要直且流畅。
版面制作、装配、校正对印刷套印精度影响很大
版面拼贴时要注意做好以下工作：印版做好后，取0.5mm厚透明聚丙烯版基一张，在其长度中心画一条垂线，然后按待印纸箱规格，用小笔画出长、宽、高边线，再依样稿或样箱按生产通知单规定拼版。版面位置定位后，用水绘笔依照印版边缘画线，之后将事先准备好的同样大小版基覆盖在画好线的版基上，精确描出所有边线（如套印三色可再画一块版基），最后按套印色别，把相应的印版用氯丁胶牢牢粘在画好的位置。然后用双面胶将印版贴到印刷机的辊筒上，版基中线与印刷机装版辊筒中线对正重合即可，这样拼版位置准确，就会保证印刷套色的精度。
三、两种常用制版技术
激光制版新技术
宽幅激光制版机解决大幅版面需要拼接或由于抽真空不良等所引起的印品质量问题,推动柔性版纸箱印刷进入新里程。同时激光制版选用2.84mm厚的版材，制版线数提高，使印刷出来的图象效果更为细腻，层次更丰富，更好地还原图象，高光处更加清晰亮丽。不用菲林，直接制版，避免了：菲林密度不够；菲林可能折伤；菲林与版材真空抽气不良；粉尘脏点等问题。激光直接烧蚀版材表面。使网点及文字边缘更垂直。
液态树脂版技术
液态版用水加少量的助剂就可以清洗，非常环保不污染环境；而固态树脂版使用四氯乙烯和正丁醇的混合液来清洗。四氯乙烯是有毒物质，造成对人体伤害以及环境的污染。并且液态树脂版在制版时间、印刷质量等方面比固态版具有优势，液态版的市场空间很大。
四、拼版、装版注意事项
安装印刷版厚度不一致，容易造成各色组印版直径不一致而错位，建议采用统一厚度双面胶带，并装版时注意印版背面与版辊的清洁。
在机器印刷滚筒上安装印刷版时，衬垫与版辊要安装紧密、印版与印版辊安装要严实，并且保证装版时各版校对准确。印版负片没有套准或负片变形不一致，可检查制版菲林是否校正。
检查印刷版是否有变形情况。因为印版制版过程中，干版温度太高，会造成印版变形，影响套准。应采用适当的烘版温度或按供应商要求烘版。
检查印版厚度的一致性。明显的版厚差异一般不会发生，但各品牌厚度不一致可能不会被注意。比如瓦楞纸箱印刷常采用3.94mm厚版，可能不同供应商提供的版材不一致（如3.95mm、3.90mm、4.00mm），而编号统一采用3.94mm。建议柔版套印采用同一品牌版材。
各色印版制版时间应该保持一致，可以避免印刷套印的问题。